A origem do topônimo Rifaina já teve pelo menos quatro formas gráficas e duas interpretações: uma, que o liga a língua tupi, e outra, segundo a qual a origem da cidade seria portuguesa.
Segundo João Mendes de Almeida, Rifaina seria corrupção de ‘’Ri-piâ-ñaî’’ (porto do caminho do rio, em tupi). Vale ressaltar que a região já foi povoada por índios caiapos.
Por desconhecer que o nome já portava a denominação ‘’porto’’, dizia-se’’ Porto da Rifaina’’, em referência a um porto do rio Grande ou Paraná. De acordo com Wanderley dos Santo, essa interpretação, realizada no inicio do século XX, quando das comemorações do quarto centenário do descobrimento do Brasil, padece de um ufanismo que foi próprio da época, quando também se tentou atribuir uma origem tupi a topônimos como Casa Branca, Dourados, Mato Grosso entre outros. Na verdade, para Santos, ‘’Rifaina’’ deriva-se diretamente do português, tendo aparecido, inicialmente, como ‘’Arrefana’’ e ‘’Rifaina’’ (1823), ’’Rifaina’’(1865) e Rifaina, a partir de 1866, alternada como as duas ultimas.
O nome do lugar definiu-se, com a criação da paróquia, pela Lei nº 58, de 15 de abril de 1837, como ‘’Santo Antônio da Rifaina’’. Posteriormente, a Lei nº 829 de 21 de dezembro de 1921, simplificou o nome para Rifaina.
Arrifana, que teria originado o nome da cidade, tem origem em ‘’arrife’’, ou seja, “desbaste de arvoredo em linha reta, formando, uma abertura de alguns metros de largura; tênue camada de terreno, em que aparecem aqui e ali cabeçotes de rochas subjacentes: terreno de cultura disposto em tabuleiros socalcados, nas encostas; penedia cortada em prumo’’. Segundo Santos, essa descrição vai ao encontro dos caracteres da geografia local.
