O cerrado domina a vegetação local, e as florestas tropicais semi-decíduas restringem-se às encostas mais íngremes das cuestas. Nas porções menos íngremes do relevo, a cobertura florestal original foi removida em sua maior parte, permanecendo alguns poucos resquícios, em parte degradados.
A vegetação predominante no entorno da cidade é o cerrado, embora a região esteja em uma área de transição de cerrado com mata atlântica.
A flora do cerrado é riquíssima é a segunda maior formação vegetal do país, nela existem diversas formas de vegetação, desde campos sem árvores ou arbustos, até o cerrado lenhoso denso com florestas-galeria. As árvores mais altas chegam a 15 metros de altura e formam estruturas irregulares.
Apenas nas matas ciliares as árvores ultrapassam 25 metros e possuem normalmente folhas pequenas. Nos quentes campos rupestres estão os mais exuberantes e exóticos cactos, bromeliás e orquídeas, contando com centenas de espécies endêmicas. Alguns exemplos de arvores encontradas no cerrado rifainense são: Ipês, jatobá, ingá, buriti, pequi, jacarandá murici, mangaba, sucupira entre outras.
A fauna, também, apresenta grande variedade em espécies, são aproximadamente mais de 600 de aves, cerca de 50 de mamíferos, 30 de anfíbios e muitos tipos de artrópodes. Os animais mais populares aqui são o Lobo Guará, o Tamanduá-Bandeira, o tatu-bola, a onça parda ou suçuarana, o macaco prego, algumas espécies de aves como tucanos, gaviões, canários, alma de gato, pica-paus, beija-flores. E, ainda, algumas espécies de répteis como a cascavel, jararaca, o teiú, jibóia e a sucuri.
Esta rica biodiversidade não nos deixa dúvida que Rifaina tem o melhor, senão o maior potencial para prática do ecoturismo e turismo de estudo do meio da região.
